La Suprema Corte de Justicia de la Nación ha sido muy reticente a que la Auditoría Superior de la Federación fiscalice su actuación. En el 2005 la Corte reconoció que la entidad de fiscalización sí tiene atribuciones para fiscalizar la gestión financiera del poder judicial, pero se opuso a que fiscalizara los planes y programas relacionados con la carrera judicial, con el argumento de que ello implicaba una violación a la división de poderes y a la independencia del poder judicial. Sin embargo, como veremos, ello parte de ciertas inferencias erróneas que realiza la Corte de dichos principios constitucionales.